Penggunaan pestisida dapat mempengaruhi kualitas tanaman.

Penggunaan pestisida yang berlebihan atau tidak tepat dapat menyebabkan residu pestisida yang tinggi dalam tanaman, yang pada gilirannya dapat berdampak negatif terhadap kualitas dan keselamatan makanan.

Dalam beberapa kasus, penggunaan zat tersebut yang tidak tepat dapat meninggalkan residu pestisida pada produk pertanian.

Residu pestisida yang tinggi dapat memiliki efek merugikan terhadap kesehatan manusia jika dikonsumsi dalam jumlah yang berlebihan. Beberapa pestisida telah terbukti memiliki efek toksik dan karsinogenik jika paparannya melebihi batas yang diperbolehkan.

Untuk mengatasi masalah ini, badan pemerintah dan lembaga pengawas kesehatan seperti Badan Pengawas Obat dan Makanan (BPOM) menetapkan batas maksimum yang diperbolehkan untuk residu pestisida dalam makanan.

Petani juga diharuskan mengikuti periode withholding, yaitu periode waktu antara pemakaian terakhir pestisida dengan panen, untuk memastikan bahwa residu pestisida dalam tanaman sudah menurun atau tidak melebihi batas yang ditetapkan sebelum dipanen.