Konsentrasi pupuk urea yang tinggi dalam air ini mampu menimbulkan berkembangnya gulma, kemudian juga mampu menimbulkan wabah penyakit pada biota air lainnya.

Peristiwa ini bisa disebabkan oleh kurangnya nutrisi bagi biota perairan hingga kurangnya sinar matahari yang dapat meraih permukaan air.

Pupuk yang kaya nitrogen dan fosfor ini, jika masuk ke dalam ekosistem perairan akan menyebabkan terjadinya eutrofikasi atau disebut juga hipertrofikasi.

Eutrofikasi ini merupakan meningkatnya suatu pertumbuhan dan populasi tanaman dan mikro-organisme air. Contohnya seperti gulma, alga dan sianobakteria yang terjadi akibat melimpahnya nutrisi di air.

Zat hara di dalam air yang berlebih ini selain dihasilkan oleh pupuk, ternyata juga berasal dari sampah organik dari perkebunan atau sisa makanan ikan yang juga banyak mengandung zat hara.

Dengan meningkatnya ketersediaan nutrisi ini bisa menyebabkan tanaman air dan alga tumbuh dengan cepat. Dimana, pertumbuhan yang cepat ini juga akan menyebabkan dampak buruk bagi ekosistem air yaitu:

  1. Pertumbuhan ini dapat menyebabkan tertutupnya permukaan air, sehingga dapat menyebabkan terhalangnya sinar matahari ke dalam air. Kondisi ini bisa mengakibatkan produksi oksigen oleh plankton di dalam air menjadi berkurang. Sehingga, hewan air akan kekurangan oksigen dan akan susah bernapas hingga menyebabkan mati.
  2. Saat tanaman dan alga mati ini akan menyebabkan meningkatnya populasi bakteri pengurai. Perlu diketahui, bakteri ini mengkonsumsi oksigen, maka peningkatan bakteri pengurai ini akan menyebabkan berkurangnya oksigen atau hipoksia di air. Kondisi ini mengakibatkan eutrofikasi bisa menyebabkan kematian massal pada ikan di perairan itu.
  3. Banyak alga dan mikroba yang tumbuh dalam eutrofikasi ini akan menghasilkan zat berbahaya, seperti sianobakteria yang bisa menghasilkan sianotoksin dan menyebabkan kematian massal ikan di perairan.